Assim que a BB sai do cano da arma, ela está sujeita à gravidade, que independente da sua velocidade, sempre vai "derrubar" a bolinha na mesma aceleração (famosos 9,8m/s²). Ou seja, quanto mais rápido ela sair do cano (maior FPS) mais distância ela vai alcançar.
Bom, essa é a parte mais simples, a cinemática básica que vimos no ensino médio, só que na realidade tem outros fatores.
O mais significativo deles é a resistência do ar, e é dela que o Hop-Up tira um pouco de vantagem, ele se basea no princípio do efeito magnus.
Esse efeito é o mesmo que faz as curvas nas bolas de futebol, numa cobrança de falta por ex. É o seguinte, quando um objeto (principalmente esférico, como as BBs) gira no ar, o lado que está "a favor do movimento" tem um maior velocidade de escoamento, causando uma pressão menor (a parte de cima da BB), e o contrário na parte de baixo, onde a rotação da BB está "contra o ar", o que causa uma maior pressão.
Essa diferença de pressão acima e abaixo literalmente empurra a bolinha pra cima, anulando por um tempo a força da gravidade.
Há outros fatores que influenciam a trajetória da bolinhas, mas estes só dependem dela, como polimento da mesma (quanto mais polida menor atrito com o ar), desvios de forma (ela tem que ser bem esférica) e centro de massa (tem que estar no meio pra evitar movimentos aleatórios).
Considerando que estás atirando no mesmo ambiente, com a mesma temperatura, mesma altitude, sem vento, são estes os fatores que diferem uma trajetória da outra.
Por isso um hop-up bom é tão importante, porque ele tem que estar bem regulado para aumentar tanto a distância quanto a precisão.